El 27 de noviembre de 2002, fue decretada el Área Federal, Área de Protección de Flora y Fauna Ciénegas del Lerma, con una superficie de 3,023 Ha., en los Municipios de Lerma, Santiago Tianguistenco, Almoloya del Río, Calpuhuac, San Mateo Atenco, Metepec y Texcalyacac.
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El 27 de noviembre de 2002, fue decretada el Área Federal, Área de Protección de Flora y Fauna Ciénegas del Lerma, con una superficie de 3,023 Ha., en los Municipios de Lerma, Santiago Tianguistenco, Almoloya del Río, Calpuhuac, San Mateo Atenco, Metepec y Texcalyacac.
La presencia actual de la vegetación acuática de las Ciénegas del Lerma se debe a la construcción geológica del acuífero Toluca-Ixtlahuaca y a los materiales de relleno que se depositaron durante el Terciario y Cuaternario en la cuenca endorréica en el Valle de Toluca. Ambos factores permitieron la creación de un extenso lago, propiciando la proliferación de diversas especies de plantas acuáticas y subacuáticas.
En lo que respecta a fauna, la región se considera importante por sus comunidades de peces, aves y anfibios. Otros grupos como reptiles y mamíferos están poco representados en los humedales.
En la zona no hay una gran riqueza de mamíferos ya que algunas especies han desaparecido. Los mamíferos aún presentes son varias especies de roedores como los ratones Peromyscus maniculatus y Sigmodon hispidus, tlacuaches (Didelphys virginiana), conejos (Sylvilagus floridanus) y varias especies de carnívoros como cacomixtles (Bassariscus astutus), comadrejas (Mustela frenata) y zorrillos (Mephitis macroura).
Con respecto a la ornitofauna, se tiene registro de 116 especies tanto residentes como migratorias. En la actualidad cerca de 100, 000 individuos de aves migratorias, sobre todo patos, hacen uso de las ciénegas.
El grupo de los anfibios está representado por dos especies de ranas, Hyla plicata y Lithobates montezumae y por el género Ambystoma, con dos especies, A. lermaensis y A. granulosum.
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